Anime ini bercerita tentang seorang anak laki-laki berusia 12 tahun bernama Gon Freecss yang bertualang mencari ayahnya, Ging Freecss.
Dalam petualangannya, Gon bertemu dengan tiga orang yang berasal dari latar belakang yang berbeda, yakni Killua Zoldyck; Leorio; dan Kurapika, yang kemudian menjadi sahabatnya dalam mengarungi dunia Hunter x Hunter.
